1999 - 2004

El 29 de marzo de 1998, ARENA anunció que Flores sería su candidato para las elecciones presidenciales del 7 de marzo de 1999. El 1 de junio de 1999, a la edad de 39 años (hasta ese momento, era el Jefe de Estado más joven de El Salvador, posteriormente sería igualado por su sucesor, Elías Antonio Saca quien también resultara electo como Presidente de la República a los 39 años), Flores se convirtió en Presidente de la República de El Salvador, siendo el tercero del partido ARENA que consigue el cargo de forma consecutiva, sucediendo a su correligionario Armando Calderón Sol.

Política económica

Flores Pérez destacó por su fidelidad en la aplicación del modelo neoliberal, cambió la moneda de curso legal del país el colón salvadoreño por el dólar estadounidense como moneda de cambio el 1 de enero de 2001, por medio de la Ley de Integración Monetaria (promovida por su gobierno y aprobada por la Asamblea Legislativa en noviembre de 2000), que implicaba el proceso de dolarización de todas las transacciones económicas y financieras en un plazo de seis meses.

Política internacional

El 13 de enero y 13 de febrero de 2001, tuvo que enfrentar las catástrofes provocadas por dos terremotos que afectaron más que todo el departamento de La Libertad. Muchos salvadoreños en Estados Unidos viviendo ilegalmente, fueron entonces beneficiados con un permiso de trabajo temporal el cual fue otorgado por el Presidente de Estados Unidos. Se estima que fueron 250,000 salvadoreños los beneficiados por el Estatus de Protección Temporal (TPS por sus siglas en inglés). El presidente George W. Bush dijo luego de los terremotos de 2001 en su discurso ante el presidente Flores, que él era su amigo, y que por eso también todos los salvadoreños eran sus amigos. El presidente Flores respondió que agradecía al mandatario estadounidense por el gesto de amistad desinteresado hacia los salvadoreños en Estados Unidos, ya que El Salvador no cuenta con riquezas naturales sino solamente con su buena mano trabajadora de los salvadoreños.

El gobierno de Flores destacó por el apoyo a la ocupación de Irak por parte de Estados Unidos y el envío de tropas salvadoreñas, siendo el país latinoamericano que más apoyo político y militar brindó al gobierno estadounidense, y también fue de los pocos mandatarios que reconoció el gobierno de facto de Pedro Carmona en Venezuela. Otro miembro de su partido, Elías Antonio Saca, le sustituyó en la Presidencia de la República el 1 de junio de 2004.

Un punto relevante en el actuar de Flores que se recuerda es la ocasión en la Cumbre de Presidentes en la República de Panamá, cuando Flores, acusó de manera directa, a Fidel Castro, de haber participado cruentamente en la guerra civil que tuviera El Salvador durante doce años. Castro respondió acusando a Flores de brindar protección en territorio salvadoreño al exiliado cubano Luis Posada Carriles y dijo que el gobierno cubano había apoyado al FMLN durante el conflicto armado en El Salvador. El enfrentamiento Flores-Castro, en esa cumbre, le dio al presidente salvadoreño un apoyo decidido por parte de los Estados Unidos. En cuanto a la población de El Salvador, la actuación del presidente Flores en la cumbre, fue juzgada en forma dividida por opositores y partidarios